15 ธันวาคม 2549 ตัวแทนสหพันธ์นิสิตนักศึกษาแห่งประเทศไทย (สนนท.), นิสิต ม.บูรพา และ ม.เทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ยื่นหนังสือร้องเรียนต่อ นายจรัล  ดิษฐาอภิชัย กรรมการสิทธิมนุษยชน ในฐานะประธานอนุกรรมการว่าด้วยสิทธิเสรีภาพทางความคิดเห็นในคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ โดยหนังสือร้องเรียนของ สนนท.มีใจความคัดค้านการนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบราชการ เนื่องจากการนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบราชการนั้น ส่งผลกระทบกับเป้าหมายการศึกษาที่เป็นแหล่งศึกษาเล่าเรียนเพื่อกลับไปรับใช้สังคม ซึ่งรัฐต้องให้โอกาสทางการศึกษาแก่ประชาชนในราคาที่ถูกที่สุด แต่ปัจจุบันผู้บริหารทั้งระดับกระทรวงศึกษาธิการ และในระดับมหาวิทยาลัยพยายามผลักดันการศึกษาเข้าสู่ระบบทุน และสร้างให้เป็นสินค้าที่จะต้องมีการลงทุน แก่งแย่ง แข่งขัน ทำให้เกิดการปิดกั้นโอกาสของคนจนที่จะเข้ามาเรียนต่อในระดับอุดมศึกษา และภายหลังจากมีการเคลื่อนไหวดังกล่าว กลับถูกผู้บริหารหลายสถาบันพยายามขัดขวางในหลายรูปแบบ โดยใช้กฎระเบียบของมหาวิทยาลัยเป็นข้ออ้างเพื่อกดดันมิให้มีการจัดกิจกรรมรณรงค์ในมหาวิทยาลัย

ส่วนหนังสือร้องเรียนของ ม.บูรพา ได้ร้องเรียนคัดค้านร่าง  พ.ร.บ.มหาวิทยาลัยบูรพา ที่กำลังจะเข้าสู่วาระพิจารณาของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ซึ่ง พ.ร.บ.ดังกล่าว มีกระบวนการขั้นตอนที่ไม่เรียบร้อย เนื่องจากในขั้นตอนการทำประชาพิจารณ์ยังปรากฏว่า ไม่มีการทำประชาพิจารณ์อย่างทั่งถึงและเป็นธรรมแก่ทุกฝ่าย โดยเฉพาะอย่างยิ่ง นักศึกษา และฝ่ายผู้ปกครอง ยังไม่ได้มีการเสนอแนะและประชาพิจารณ์ร่าง พ.ร.บ.ดังกล่าว ซึ่งกระบวนการขั้นตอนเกือบทั้งหมดดำเนินการโดยคณะผู้บริหารเพียงฝ่ายเดียว  และเนื่องจากกรณีที่มีการคัดค้านการนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบ ได้มีนักศึกษากลุ่มหนึ่งถูกอาจารย์ของมหาวิทยาลัยแจ้งตำรวจให้เข้ามาจับ เนื่องจากนักศึกษากลุ่มดังกล่าวได้ไปชุมนุมที่หน้ารัฐสภาเพื่อยื่นหนังสือขอคัดค้านการออกนอกระบบของมหาวิทยาลัยบูรพาต่อประธานสภานิติบัญญัติเมื่อวันที่ 6 ธันวาคม 2549 อีกทั้งต่อมามีอาจารย์ของมหาวิทยาลัยกระทำการข่มขู่นักศึกษาโดยใช้วิธีการหลายรูปแบบ เพื่อไม่ให้ไปร่วมทำกิจกรรมที่มีลักษณะในทางเคลื่อนไหวคัดค้านการนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบ

ส่วนหนังสือร้องเรียนของ ม.เทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ร้องเรียนว่า ถูกผู้บริหารของมหาวิทยาลัยข่มขู่จะให้พักการเรียนเป็นเวลา ๑ ปี หากมีนักศึกษาคนใดแถลงข่าว หรือเคลื่อนไหวคัดค้านเกี่ยวกับร่าง พ.ร.บ.มหาวิทยาลัยพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ในข้อหาทำความเสื่อมเสียแก่สถาบัน

ด้านนายจรัล เรียกร้องให้ทุกฝ่ายยุติการกระทำใดๆ ที่เป็นการข่มขู่คุกคาม อันเป็นอุปสรรคต่อการใช้สิทธิเสรีภาพทางความคิดเห็น ทั้งนี้เพราะสิทธิเสรีภาพทางความคิดเห็น เป็นรากฐานสำคัญในการมีส่วนร่วมทางการเมืองของประชาชน