มูลนิธิศูนย์ทนายความมุสลิม ระบุด้วยว่า จากข้อมูลการร้องเรียนที่มาที่มูลนิธิฯ และจากการได้สอบข้อเท็จจริงทั้งญาติและผู้ถูกควบคุมตัวภายหลังได้รับการปล่อยตัวแล้ว จะประสบปัญหาและอุปสรรคในการสื่อสาร ญาติไม่สามารถที่จะรับรู้ข้อมูลจากผู้ถูกควบคุมตัวว่า เจ้าหน้าที่ว่ามีการปฏิบัติอย่างไร เนื่องจากการเยี่ยมไม่เป็นส่วนตัว เพราะมีเจ้าหน้าที่คอยสอดส่อง และประกบตัวอย่างใกล้ชิด และบางรายจะมีเจ้าหน้าที่มาถ่ายรูประหว่างที่ญาติกับผู้ถูกควบคุมตัวได้พบกัน ทำให้ญาติบางคนมีความรู้สึกหวาดกลัวและไม่สบายใจ อาจทำให้ตกเป็นผู้ต้องสงสัยไปด้วย

การกระทำในลักษณะดังกล่าวถือว่าเป็นการกดดัน และคุกคามทางความรู้สึกระหว่างญาติและผู้ถูกควบคุมตัว  นอกจากนี้ปัจจุบันยังพบว่าแม้ญาติจะเดินทางไปเยี่ยมผู้ถูกควบคุมตัวถึงสถานที่ควบคุมตัว แต่ไม่มีโอกาสได้พบตัวอย่างใกล้ชิด เพราะเจ้าหน้าที่จะใช้วิธีให้พูดคุยผ่านจอภาพ (ให้พูดคุยผ่านคอมพิวเตอร์โน๊ตบุค) ซึ่งผู้ถูกควบคุมตัวอยู่อีกสถานที่หนึ่ง ที่มีเจ้าหน้าที่ควบคุมตัวอยู่อย่างใกล้ชิด  ปิดโอกาสที่ญาติจะสอบถามความเป็นอยู่หรือ ตรวจสอบหรือสังเกตสภาพร่างกายว่ามีความผิดปกติหรือไม่อย่างไร

จากข้อมูลผู้ถูกควบคุมตัวรายหนึ่งได้เปิดเผยว่า สถานที่ดังกล่าวเป็นห้องกว้างประมาณ 2-3 เมตร  มีโต๊ะ 1 ตัว เก้าอี้ 2 ตัว  ติดตั้งเครื่องปรับอากาศตัวใหญ่ พื้นและผนังห้องทุกด้านบุแผ่นกันกระแทก (คล้ายโฟมหนา) และห้องสำหรับพูดกับญาติที่มาเยี่ยมผ่านหน้าจอคอมพิวเตอร์ หลังกล้องจะมีพื้นที่ว่างสำหรับเจ้าหน้าที่ยืนมองผู้ถูกควบคุมตัวคุยกับผู้มาเยี่ยม ผู้ถูกควบคุมตัวไม่กล้าที่จะให้ข้อมูลเกี่ยวกับการกระทำของเจ้าหน้าที่

นอกจากนี้ระยะเวลาในการเยี่ยม มีเวลาในการเยี่ยมน้อย แม้จะมีป้ายระบุเวลาเยี่ยม 30 นาที แต่ทางเจ้าหน้าที่จะอ้างว่ามีเหตุจำเป็นต้องจำกัดเวลาเยี่ยม นอกจากนี้หากเจ้าหน้าที่จะอ้างเหตุผลที่เป็นข้อจำกัดในการเยี่ยม ก็จะบอกกับญาติว่าผู้ถูกควบคุมตัวไม่ให้ความร่วมมือกับเจ้าหน้าที่ อันเป็นลักษณะของการลงโทษ  บางรายมีการคุกคามกับครอบครัวโดยการมาเกลี้ยกล่อมให้รับสารภาพ

แม้ในสถานที่ควบคุมตัว จะมีโรงพยาบาลและแพทย์ที่ทำหน้าที่ตรวจร่างกาย แต่ในรายที่ถูกซ้อมทรมาน มักจะไม่มีรายละเอียดของการรายงาน จนมีผู้ถูกควบคุมตัวรายหนึ่ง เมื่อนำไปตรวจที่โรงพยาบาลแล้ว มีความเห็นว่าเป็นโรคจิตฉับพลัน ขาดความสามารถในการควบคุม ต้องทำการรักษาอย่างเร่งด่วนและต่อเนื่อง ห้ามขาดยาโดยเด็ดขาด ทั้งที่ก่อนหน้าถูกควบคุมตัวไม่เคยเป็นอาการเช่นนี้มาก่อน

ซึ่งจากสภาพปัญหาดังกล่าวทำให้ในการมาร้องเรียนในเบื้องต้น จะไม่มีข้อมูลที่เป็นข้อเท็จจริงจากญาติโดยตรง ต้องอาศัยความไว้วางใจในการที่จะเปิดเผยข้อมูลในเชิงลึก และจากการพูดคุยกับญาติส่วนใหญ่ แม้พบโดยเห็นจากการสังเกตหรือสงสัยว่าจะมีการซ้อมทรมาน แต่ก็ไม่อยากร้องเรียนต่อหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เพราะเกรงว่าจะได้รับผลกระทบในเรื่องความปลอดภัยผู้ถูกควบคุมตัว รวมทั้งของญาติและครอบครัวเอง จึงเป็นอุปสรรคสำคัญในการเก็บข้อมูลของการทรมานในการควบคุมตัวตามกฎหมายพิเศษ

จากสภาพปัญหาและอุปสรรคที่มูลนิธิศูนย์ทนายความมุสลิมนำเสนอดังกล่าว  มีความกังวลและห่วงใยต่อการควบคุมตัวผู้ต้องสงสัย และการปฏิบัติหน้าที่ตามกฎหมายพิเศษไม่วาจะเป็นชั้นการควบคุมตัวตามพระราชบัญญัติกฎอัยการศึก พ.ศ.2457 หรือพระราชกำหนดการบริหารในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ.2548 (พรก.ฉุกเฉิน)

เนื่องจากแม้สถานการณ์โดยรวมจะเห็นว่าดีขึ้น และรัฐมีความพยายามในการดำเนินการกระบวนการพูดคุยสันติภาพหรือสันติสุข แต่ยังมีการใช้ความรุนแรงจากการใช้อำนาจของเจ้าหน้าที่รัฐ ไม่ว่าจะเป็นการซ้อมทรมาน (torture) การควบคุมตัวผู้ต้องสงสัยโดยไม่มีหลักฐานที่แน่ชัด (arbitrary detention)  การวิสามัญฆาตกรรม (extrajudicial killings)  โดยเจ้าหน้าที่จะได้รับความคุ้มครองจากกฎหมายพิเศษ

มูลนิธิศูนย์ทนายความมุสลิม ขอเรียกร้องต่อผู้ที่ต้องการเดินทางสันติภาพทั้งหลายให้ตระหนักว่า ไม่มีอาชญากรรมหรือความเลวร้ายใดที่จะรุนแรงกว่าการกระทำที่อาศัยอำนาจตามกฎหมาย และวิธีการกระทำตามข้อมูลที่ได้นำเสนอ เป็นการทรมานของเจ้าหน้าที่ตามอนุสัญญาต่อต้านการทรมานและการปฏิบัติหรือการลงโทษอื่นที่โหดร้ายไร้มนุษยธรรม หรือย่ำยีศักดิ์ศรี ( Convention against Torture and Other Cruel, Inhuman or Degrading Treatment or Punishment : CAT) แม้ประเทศไทยไม่ได้อนุมัติใช้เป็นกฎหมายภายในประเทศ แต่พึงระลึกเสมอว่าการกระทำดังกล่าวเป็นพฤติกรรมที่ไม่ควรกระทำ และไม่ควรสร้างเป็นวัฒนธรรม โดยเฉพาะการปล่อยคนผิดลอยนวล

มูลนิธิศูนย์ทนายความมุสลิม ระบุด้วยว่า ขอให้กำลังใจกับทุกฝ่ายที่มีความมุ่งมั่นในการสร้างสันติภาพในพื้นที่ และขอเสนอแนะให้เจ้าหน้าที่ที่รับผิดชอบเกี่ยวกับกฎหมายพิเศษ หน่วยงานที่เกี่ยวกับสิทธิมนุษยชน และในกระบวนการยุติธรรมทั้งหลายในประเทศ ให้ความสำคัญต่อการละเมิดสิทธิภายใต้อำนาจตามกฎหมายพิเศษต่อประชาชนในพื้นที่ โดยการตรวจสอบการใช้อำนาจตามกฎหมายพิเศษอย่างจริงจัง มีหน่วยงานที่รับผิดชอบในการร้องเรียนต่อการถูกซ้อมทรมานจากการกระทำของเจ้าหน้าที่อย่างจริงจัง และหากพบว่าการกระทำใดของที่ละเมิดต่อสิทธิมนุษยชน ไม่ว่าสิทธิเหนือตัวร่างกาย หรือทรัพย์สิน หรือเลือกปฏิบัติต่อศาสนาหรือความเป็นชาติพันธุ์ ให้ดำเนินการอย่างเด็ดขาด ก่อนที่ประชาชนในพื้นที่โดยเฉพาะชาวมาลายูปาตานีซึ่งเป็นกลุ่มที่เป็นผู้ต้องสงสัยและมีความเสี่ยงสูงต่อการถูกละเมิดสิทธิ จะสูญเสียความเชื่อมั่นต่อกระบวนการยุติธรรมภายในประเทศ และหันไปขอความเป็นธรรมต่อกลไกภายนอกประเทศหรือแม้แต่อาศัยเหตุรุนแรงในการต่อต้านรัฐต่อไปไม่มีที่สิ้นสุด