การอ้างว่าสังคมไทยมีเสรีภาพทางศาสนา เพราะรัฐธรรมนูญรับรองไว้ ก็ไม่ต่างจากการอ้างว่าสังคมไทยมีเสรีภาพทางความคิดเห็นและการแสดงออกทางการเมือง เพราะรัฐธรรมนูญรับรองไว้ แต่หากในความเป็นจริงการบัญญัติ บังคับใช้ และตีความกฎหมายไม่ได้ยึดอุดมการณ์ประชาธิปไตย สิทธิมนุษยชน และการปกป้องสิทธิของปัจเจกบุคคลเป็นสิ่งสำคัญสูงสุด เสรีภาพทางความคิดเห็นและการแสดงออกทางการเมืองที่รัฐธรรมนูญรับรองไว้ ก็ไม่สามารถจะมีได้ในความเป็นจริง ดังเห็นได้จากการที่องค์กรด้านสิทธิมนุษยชนระดับโลกและนานาชาติ ต่างมองว่าสังคมไทยมีการใช้กฎหมายหลายมาตราละเมิดเสรีภาพทางความคิดเห็นและการแสดงออกทางการเมืองของประชาชนมากขึ้นโดยลำดับ

เช่นเดียวกัน แม้รัฐธรรมนูญจะรับรองเสรีภาพทางศาสนา แต่ภายใต้โครงสร้างความสัมพันธ์ระหว่างศาสนากับรัฐไทยปัจจุบัน ทำให้สังคมไทยไม่สามารถจะมีเสรีภาพทางศาสนาตามรัฐธรรมนูญรับรองได้ แต่เราก็เชื่อกันผิดๆว่า เรามีเสรีภาพทางศาสนามาโดยตลอด ดังที่พระสงฆ์และนักวิชาการพุทธศาสนามักพูดและเขียนกันบ่อยๆ ว่า สังคมไทยมีเสรีภาพทางศาสนามาตั้งแต่ยุคสุโขทัยจวบจนปัจจุบัน

แต่ “เสรีภาพทางศาสนา” (freedom of religion) ในความหมายของ “รัฐฆราวาส-ประชาธิปไตยสมัยใหม่” ถือเป็นเสรีภาพทางความเชื่อของปัจเจกบุคคลที่รัฐจะแทรกแซง ขัดขวางไม่ได้ ตราบที่การใช้เสรีภาพนั้นไม่เป็นการละเมิดสิทธิหรือก่ออันตรายแก่ผู้อื่น (โดยต้องสามารถระบุการกระทำและตัวบุคคลผู้เสียหายได้ชัดเจน)

ตัวอย่างเช่น สมมติในสังคมที่คนส่วนใหญ่นับถือศาสนาฮินดู ที่ห้ามกินเนื้อวัว เดิมทีอาจจะเป็นประเพณีความเชื่อของคนส่วนใหญ่ที่เชื่อว่าการกินเนื้อวัวผิดต่อพระเจ้า แต่ถ้าวันหนึ่งคนส่วนใหญ่อ้างความเชื่อนั้นมาบัญญัติกฎหมายห้ามกินเนื้อวัวที่มีผลบังคับทั่วไปแก่คนที่นับถือศาสนาอื่นๆและไม่นับถือศาสนา นี่ย่อมเป็นการอ้างความเชื่อทางศาสนาตามทัศนะส่วนบุคคลหรือกลุ่มบุคคลมาละเมิดเสรีภาพของปัจเจกบุคคลอย่างชัดแจ้ง เนื่องจากการกินเป็นเสรีภาพส่วนบุคคล ถ้าหากการกินเนื้อวัวเป็นความผิดต่อพระเจ้าก็ “เป็นเรื่องของพระเจ้าจะจัดการเอง” ไม่ใช่เรื่องของมนุษย์ที่เชื่อเช่นนั้นจะอ้างความเชื่อส่วนตัวมาละเมิดเสรีภาพของคนอื่นได้ (ผู้สนใจประเด็นนี้โปรดดู On Liberty ของ John Stuart Mill)

แปลว่า รัฐที่จะมีเสรีภาพทางศาสนาอย่างแท้จริงนั้น ต้องไม่อ้างความเชื่อของศาสนาใดๆ มาบัญญัติกฎหมาย และไม่แทรกแซงศาสนาใดๆ ทั้งในเชิงบวก เช่นให้การสนับสนุนอุปถัมภ์การเผยแผ่ศาสนา กะเกณฑ์ผู้คนมาร่วมกิจกรรมทางศาสนา ออกกฎหมายปกป้องความบริสุทธิ์ของคำสอนของศาสนาใดๆ เป็นต้น และในเชิงลบ เช่นไม่ปิดกั้น หรือเอาผิดการตีความคำสอนศาสนา การเลือกนับถือไม่นับถือศาสนา หรือการประกอบพิธีกรรมทางศาสนาใดๆ ตราบที่การกระทำเหล่านั้นไม่ละเมิดเสรีภาพและก่ออันตรายแก่ผู้อื่น รัฐเช่นนี้คือรัฐฆราวาส-ประชาธิปไตยสมัยใหม่ที่แยกองค์กรศาสนากับรัฐออกจากกัน รัฐไม่ใช้ความเชื่อทางศาสนาหรือความจริงสูงสุดมาเป็นหลักในการปกครอง ปล่อยให้ศาสนาเป็นเรื่องเสรีภาพของปัจเจกบุคคล องค์กรศาสนาไม่เป็นองค์กรของรัฐหรือเป็นกลไกสนับสนุนอำนาจรัฐ แต่เป็นองค์กรเอกชนภายใต้กฎหมายเหมือนองค์กรเอกชนทั่วไป มีอิสระในการศึกษาตีความและเผยแผ่ศาสนาตามความเชื่อของตนเอง

แต่รัฐไทยไม่ใช่รัฐฆราวาสประชาธิปไตยสมัยใหม่ เนื่องจากองค์กรปกครองสงฆ์เป็นองค์กรของรัฐและเป็นกลไกสนับสนุนอุดมการณ์และอำนาจรัฐ เพราะเป็นองค์กรที่ตั้งขึ้นโดยรัฐ มีอำนาจรัฐและใช้งบประมาณของรัฐ ภายใต้สัมพันธ์ระหว่างรัฐกับพุทธศาสนาเช่นนี้ทำให้รัฐไทยไม่สามารถจะมีเสรีภาพทางศาสนาได้อย่างแท้จริง แม้รัฐธรรมนูญจะรับรองไว้ก็ตาม

ตัวอย่างที่ชัดเจนคือกรณีการบวชภิกษุณี ฝ่ายเรียกร้องสิทธิการบวชภิกษุณีอ้างว่า “สามารถบวชได้ถูกต้องตามธรรมวินัย” ฝ่ายปฏิเสธก็อ้างว่า “ไม่สามารถทำได้ถูกต้องตามธรรมวินัย” แปลว่าทั้งสองฝ่ายต่างก็อ้าง “ธรรมวินัย” แต่ “ตีความต่างกัน”

อันที่จริงธรรมวินัยกำหนดว่า การบวชภิกษุณีต้องบวชใน “สงฆ์ 2 ฝ่าย” คือ ภิกษุณีสงฆ์กับภิกษุสงฆ์ แต่ไม่ได้ระบุว่าบวชในภิกษุณีสงฆ์หรือภิกษุสงฆ์นิกายนั้นผิด นิกายนี้ถูก เพราะสมัยพุทธกาลยังไม่แยกนิกาย

ปัญหาคือ คณะสงฆ์เถรวาทไทยอ้างว่า ภิกษุณีสงฆ์เถรวาทขายสายไปแล้ว ทำให้ไม่สามารถบวชภิกษุณีเถรวาทอย่าง “ถูกต้องตามธรรมวินัย” ขึ้นมาได้อีก เพราะไม่ครบองค์สงฆ์ในการประกอบพิธีบวช และ(พระ/นักวิชาการพุทธจำหนวนหนึ่ง)มองว่า การไปบวชภิกษุณีจากนิกายมหายานไม่สำเร็จเป็นภิกษุณี เพราะไม่ถูกต้องตามธรรมวินัย (หรืออย่างเบาๆ ก็พูดแค่ว่า “ไม่สำเร็จเป็นภิกษุณีเถรวาทได้” ถ้าเป็นก็เป็นภิกษุณีนิกายอื่น)

แต่ฝ่ายเรียกร้องการบวชภิกษุณีอ้างว่า ก่อนภิกษุณีเถรวาทจะสูญไปจากศรีลังกา ภิกษุณีสงฆ์ศรีลังกาได้ไปบวชให้สตรีชาวจีนเป็นภิกษุณีในนิกายธรรมคุปต์ซึ่งเป็นนิกายย่อยของมหายาน หลังจากภิกษุณีเถรวาทสูญไปจากศรีลังกานานแล้ว จึงมีการฟื้นการบวชภิกษุณีขึ้นใหม่ โดยสตรีศรีลังกาไปบวชมาจากภิกษุณีสงฆ์ในจีน และมาทำพิธีบวชในภิกษุสงฆ์เถรวาทในศรีลังกาอีกที แล้วถือว่าพวกตนเป็นภิกษุณีเถรวาท เพราะถือปฏิบัติตาม “ธรรมวินัยในพระไตรปิฎกเถรวาท” ฉะนั้น การบวชจึงถูกต้องตามธรรมวินัย เพราะบวชในสงฆ์ 2 ฝ่ายอย่างถูกต้อง แม้จะต่างนิกายก็ไม่ผิด (เพราะธรรมวินัยในพระไตรปิฎกเถรวาทไม่ได้ระบุว่าบวชข้ามนิกายผิด)

ข้อขัดแย้งนี้เกี่ยวข้องกับ “เสรีภาพทางศาสนา” ตรงที่ว่า ถ้าคู่ขัดแย้งแต่ละฝ่ายไม่ได้มีหรือใช้ “อำนาจรัฐ” ต่างคนต่างยึดถือการตีความของตัวเองว่า “ถูกต้อง” และสมัครใจจะเลือกยอมรับหรือไม่ยอมรับการบวชภิกษุณีตามการตีความของตัวเอง ย่อมถือว่าไม่ขัดกับหลักเสรีภาพทางศาสนา แต่ถ้าฝ่ายใดฝ่ายหนึ่งมีและใช้อำนาจรัฐกำหนดหรือบังคับให้เป็นไปตามการตีความของฝ่ายตน ย่อมขัดกับหลักเสรีภาพทางศาสนา เพราะเท่ากับเอาทัศนะส่วนตัวหรือทัศนะของฝ่ายตัวไปเป็น “หลักการทั่วไป” ใช้บังคับให้ทุกคนปฏิบัติตามผ่านอำนาจรัฐในรูปกฎหมาย คำสั่ง หรือระเบียบต่างๆ
ฉะนั้น การที่มหาเถรสมาคมซึ่งเป็นองค์กรของรัฐ ได้อ้าง “การตีความธรรมวินัย” (ซึ่งเป็นทัศนะ/ความเชื่อส่วนตัวของบุคคลหรือกลุ่มบุคคล) เพื่อใช้เป็น “หลักการทั่วไป” ในรูปคำสั่ง ระเบียบใดๆที่มีฐานะเป็น “กฎหมาย” ซึ่งใช้บังคับเป็นการทั่วไป เช่นห้ามพระทั่วประเทศทำการบวชภิกษุณี และ/หรือห้ามไม่ให้พระชาวต่างชาติมาทำการบวชภิกษุณีในไทย จึงเป็นการ “ละเมิดเสรีภาพทางศาสนา” หรือเป็นการใช้อำนาจรัฐแทรกแซงขัดขวางเสรีภาพทางศาสนา ด้วยการทำให้ความเชื่อ ทัศนะของฝ่ายตัวเองมีผลเป็นการกีดกัน บังคับ เอาผิดคนอื่นๆที่มีทัศนะ ความเชื่อทางศาสนาต่างจากตนหรือฝ่ายตน

อีกตัวอย่างหนึ่ง “โครงการหมู่บ้านศีล 5” หากเป็นโครงการที่ริเริ่มจากวัดกับหมู่บ้านหรือชุมชนแต่ละแห่งสมัครใจทำกันเอง อย่างอิสระ โดยไม่เกี่ยวข้องกับทางราชการ หรือไม่ใช่นโยบายของรัฐ หรือนโยบายขององค์กรสงฆ์ที่ใช้อำนาจตามกฎหมายสั่งการลงไป ย่อมไม่ขัดต่อเสรีภาพทางศาสนา แต่หาตรงกันข้ามย่อมขัดกับหลักเสรีภาพทางศาสนาดังกล่าวแล้ว

ฉะนั้น เมื่อพูดในเชิงหลักการอย่างถึงที่สุด ตราบใดที่องค์กรศาสนามีอำนาจรัฐในมือ เสรีภาพทางศาสนาไม่อาจมีได้จริง

หรือพูดในภาพรวม ตราบที่รัฐไทยไม่สามารถพัฒนาไปเป็น "รัฐฆราวาส-ประชาธิปไตยสมัยใหม่" ได้ เสรีภาพทางศาสนา เสรีภาพทางความคิดเห็น และการแสดงออกทางการเมือง ย่อมไม่สามารถจะมีได้จริง